诊断头痛性癫痫的关键，是先确定是否为癫痫，这就需要依据病史与包括脑电图在内的辅助检查结果进行判断。以头痛为主诉就诊的儿童十分常见，但确定其性质比较困难，首先是难以获得有关头痛性质的准确描述，其次家长由于溺爱孩子常夸大症状的严重性，而医生对头痛性癫痫的诊断标准，掌握不严格，致使头痛性癫痫诊断的扩大化。因此，要求临床医生应仔细询问病史，客观地进行分析。
癫痫与偏头痛均为发作性疾病，虽有许多相似之处，但二者的病理生理机制不同，临床表现也不尽相同。一般头痛性癫痫常突然发作，持续时间短于5分钟，常伴意识丧失或发作后状态，发作时脑电图常有异常改变，有些患者发作持续时间短1小时，长超过24小时，发作时均无意识丧失或发作后状态，有些患者在头痛发作时进行脑电图描记，其结果均不支持头痛性癫痫的诊断。有些患者诊断为儿童神经性头痛，这部分患儿头痛多无固定部位，无规律，变化较多，常因劳累或生活不规律而发作，且平素比较娇惯，常借头痛以拒绝家长合理的要求，经心理疏导及暗示治疗症状基本消失。
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